Bár a két fogalmat gyakran összetévesztik, a multimodális és az intermodális szállítás között mégis van különbség. Az intermodális szállítás során az áru egyetlen egységben (pl. konténerben) kerül mozgatásra a különböző szállítási módok között. Az áru a szállítás során végig a konténerben marad, nem veszik ki belőle, tehát egy zárt egységben marad. A legnagyobb előnye, hogy így a rakodási idő jelentősen lecsökken, emellett az áru sérülése vagy részbeni eltűnése is minimálisra csökken. Például az indulási helyen kamionra kerül egy konténer, amit átraknak vasúti kocsira, végül hajóra teszik. Az egész folyamat során az áru végig ugyanabban a konténerben maradhat, nem kell minden szállítási mód váltásánál újra rakodni, csak a konténert átemelni.

A multimodális szállítás szintén többféle szállítási mód kombinációját használja, de ebben az esetben az áru a folyamat során közvetlenül is rakodásra kerülhet egyik szállítóeszközről a másikra. Ilyen esetben lehetőség van arra, hogy különböző szállítóeszközökön eltérő csomagolással vagy rakodási módokkal szállítsák az árut. Például az áru teherautókkal a raktárból egy kikötőbe érkezik, ahol azt konténerbe átrakva hajóra rakják. Amikor megérkezik a hajó a kikötőbe, az áru konténerét kiürítik, és a rakományt különböző kamionok szállítják tovább a végső célállomásra.

A különbség tehát abban rejlik, hogy az intermodális szállítás esetében az áru mindig egy zárt egységben marad, amit különböző szállítóeszközökkel mozgatnak, míg a multimodális szállítás során az áru egyenként is rakodásra kerülhet egyik szállítóeszközről a másikra. Az intermodális szállításnál jellemzően egyetlen fuvarlevél van a teljes útvonalra, míg a multimodális szállításnál az egyes szállítási módok külön szerződéseket és fuvarleveleket igényelhetnek.